‌Die Kirche ist der zweitgrößte Arbeitgeber in Deutschland. Größer ist nur der öffentliche Dienst, zu dem die Kirche aufgrund ihrer Autonomiestellung nicht dazuzählt. Die evangelische und die katholische Kirche haben durch die Trennung von Staat und Kirche ein weitgehendes Selbstbestimmungsrecht. Dieses stammt aus der Weimarer Verfassung und ist unter Art. 140 in das Grundgesetz aufgenommen worden. Das Selbstbestimmungsrecht erlaubt der Kirche, ihre Angelegenheiten innerhalb des gesetzliches Rahmens selbst zu regeln und nach ihrem Selbstverständnis zu ordnen und zu verwalten. Dazu gehört insbesondere die Ausgestaltung des Arbeits- und Dienstrechts.

Das kirchliche Arbeitsrecht gilt für alle Arbeitnehmer der verfassten Kirche, also der eigentlichen Kirchenorganisation. Dazu zählen etwa Ordensgemeinschaften und Landeskirchen. Darüber hinaus fallen auch alle anderen Einrichtungen der Kirche unter das kirchliche Arbeitsrecht. Beispielsweise Wohlfahrtsverbände wie die Caritas oder die Diakonie, aber auch kirchliche Bildungs- und Erziehungseinrichtungen, kirchliche Krankenhäuser und kirchliche Nachrichtenagenturen.
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‌Das kirchliche Arbeitsrecht hat verschiedene Besonderheiten, die es vom allgemeinen Arbeitsrecht unterscheiden. 
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‌1) Betriebliche Mitbestimmung: In kirchlichen Einrichtungen gibt es weder einen Betriebsrat noch eine Personalvertretung. Stattdessen schafft eine Mitarbeitervertretung die Möglichkeit der betrieblichen Mitbestimmung. 
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‌2) Überbetriebliche Mitbestimmung: Die allgemeinen Arbeitsbedingungen in kirchlichen Einrichtungen werden weitgehend durch Kommissionen bestimmt, die sich aus Arbeitgeber- und Arbeitnehmervertreter zusammensetzen. Dieses Rechtssystem nennt man den dritten Weg der Kirche. 
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‌3) Loyalitätsverpflichtungen: Arbeitnehmer müssen die Glaubens- und Moralvorstellungen der Kirche beachten und bewahren. Die Loyalitätspflicht ist nicht nur beruflicher Natur, sondern erstreckt sich oftmals auch auf die private Lebensweise der Arbeitnehmer. 
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‌4) Kirchliche Arbeitsgerichte: Die Kirche hat eigene Arbeitsgerichte, die insbesondere bei Rechtsstreiten zwischen Dienstgeber und Mitarbeitervertretung eingesetzt werden. Auch der dritte Weg der Kirche unterliegt der kirchlichen Gerichtsbarkeit. Bei individualrechtlichen Streitigkeiten zwischen Arbeitgeber und Arbeitnehmer sind hingegen staatliche Arbeitsgerichte zuständig.
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‌Das Betriebsverfassungsgesetz und das Personalvertretungsgesetz besitzen in kirchlichen Einrichtungen keine Gültigkeit. Statt Betriebs- und Personalrat gibt es eine Mitarbeitervertretung, die für die Rechte der Arbeitnehmer eintritt. Mitarbeitervertretungen werden für vier Jahre gewählt und haben Mitwirkungsrechte, was die Gestaltung der Arbeitsverhältnisse anbelangt. Im gemeinsamen Fokus von Arbeitgeber und Mitarbeitervertretung steht nicht zuletzt die Erfüllung des Sendungsauftrags der Kirche und die Beachtung der kirchlichen Werte.

Das Mitarbeitervertretungsrecht gibt es sowohl in der katholischen als auch in der evangelischen Kirche:
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‌Üblicherweise unterliegen Arbeitnehmer im kirchlichen Bereich Loyalitätspflichten gegenüber der Kirche, die über gewöhnliche Arbeitnehmer-Loyalität hinausgeht. Dabei gelten arbeitsvertragliche Vereinbarungen, nach denen Arbeitnehmer die Glaubens- und Moralvorstellungen der Kirche vertreten und ausleben müssen. Dies betrifft in der Regel nicht nur die dienstliche, sondern auch die private Lebensweise der Arbeitnehmer und gilt auch für Arbeitnehmer, die konfessionslos sind oder einer anderen Religion angehören. 
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‌Folgende Loyalitätspflichten gelten häufig in kirchlichen Arbeitsverhältnissen:
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Oftmals haben kirchliche Einrichtungen auch Eignungsanforderungen an Bewerber: Dazu gehört beispielsweise die Religionszugehörigkeit des Arbeitnehmers, insbesondere in verkündungsnahen Arbeitsverhältnissen. Dass die Religionsangehörigkeit Bedingung für die Ausübung des Berufs sein darf, ist in § 9 Abs. 1 des Allgemeinen Gleichbehandlungsgesetzes festgelegt. Ob eine solche Anforderung rechtlich gesehen zulässig ist, entscheidet sich in der Regel dadurch, für welche Position der Arbeitnehmer sich bewirbt. Denn wenn der Arbeitnehmer etwa Handwerker oder Putzkraft in einer kirchlichen Einrichtung ist, würde von seiner Konfession nicht die Glaubwürdigkeit der Kirche abhängen.
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‌Loyalitätspflichten stellen einen Eingriff in die Privatsphäre der Arbeitnehmer dar. Denn nicht nur das berufliche, sondern auch das private Verhalten der Arbeitnehmer steht auf dem Prüfstand. Nach § 9 Abs. 2 AGG ist es grundsätzlich zulässig, dass kirchliche Einrichtungen von ihren Arbeitnehmern loyales Verhalten zur Pflege der Religion verlangen.

Inwieweit sich Arbeitnehmer in ihrer persönlichen Lebensführung nach kirchlichen Grundsätzen richten müssen, ist regelmäßig Thema von Gerichtsverhandlungen. Beispielsweise sieht die katholische Kirche Scheidung, Wiederheirat oder Homosexualität häufig als Kündigungsgründe an. Ob eine Kündigung in diesen Fällen gerechtfertigt ist, richtet sich in der Praxis danach, ob der Arbeitnehmer eine verkündungsnahe oder verkündungsferne Tätigkeit ausübt. 
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‌1) Verkündungsnahe Tätigkeit: Ist jemand in einem verkündungsnahen Bereich tätig, etwa als Religionslehrer, gilt die Kündigung bei einem Verstoß gegen kirchliche Grundsätze üblicherweise als gerechtfertigt. 
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‌2) Verkündungsferne Tätigkeit: In Berufen, die verkündungsferner sind, urteilen Gerichte zunehmend zugunsten der Arbeitnehmer und erkennen Kündigungen bei Loyalitätsverstoß als nicht gerechtfertigt an. Die Rechtslage ist allerdings im Wandel begriffen und nicht immer eindeutig.

‌Arbeitnehmer im kirchlichen Bereich, die sich von ihrem Arbeitgeber ungerecht behandelt fühlen, können wie jeder andere Arbeitnehmer gerichtlich dagegen vorgehen. Dabei empfiehlt es sich, zur Rechtsberatung einen Anwalt zu konsultieren, der mit dem kirchlichen Arbeitsrecht vertraut ist. Insbesondere bei Rechtsfragen, die über das allgemeine Arbeitsrecht hinausgehen. Etwa, ob die Religionszugehörigkeit ein Einstellungskriterium sein darf oder eine Kündigung bei Loyalitätsverstoß zulässig ist.

‌Durch das Selbstbestimmungsrecht der Kirchen können diese selbst bestimmen, ob sie die Rechtsbeziehung über den ersten, den zweiten oder den dritten Weg festlegen. 
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Erster Weg: Der Arbeitgeber beschließt einseitig die Arbeitsbedingungen. 
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‌Zweiter Weg: Gewerkschaften vertreten Arbeitnehmerinteressen und handeln mit dem Arbeitgeber Tarifverträge aus. 
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‌Dritter Weg: Der dritte Weg ist ein kircheneigenes Rechtssystem. Die Arbeitsbedingungen werden durch innerkirchliche Kommissionen beschlossen, die gleichermaßen von Arbeitgeber- und Arbeitnehmervertretern besetzt sind. Die festgelegten Arbeitsvertragsrichtlinien ähneln Tarifverträgen. 
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‌Der erste Weg findet in kirchlichen Einrichtungen in Deutschland keine Anwendung. Der zweite Weg nur mehr sehr vereinzelt. Üblicherweise wenden die katholische und die evangelische Kirche den dritten Weg an. Die innerkirchlichen Kommissionen handeln Arbeitsbedingungen wie Arbeitszeit, Urlaub oder Vergütung aus. Das Ergebnis ist eine Arbeitsvertragsrichtlinie. Damit diese Gültigkeit erlangt, muss sie im individuellen Arbeitsvertrag vereinbart sein. Eine Mitgliedschaft in einem Verband oder einer Gewerkschaft ist hingegen nicht notwendig.

‌Grundsatz des dritten Wegs ist ein partnerschaftlicher und kooperativer Umgang miteinander. Arbeitskampfmaßnahmen lehnt die Kirche ab. Vielmehr wird versucht, einen gemeinsamen Konsens zu finden und Uneinigkeiten zu schlichten. 
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‌Folgende Aspekte stehen beim dritten Weg im Vordergrund:
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